一次任务结束后，零正驾驶雪风返回。途中遭遇一架酷似Super Sylph的未知战机，由于雪风判断其为JAM，零将其击落。因为爆炸距离太近，零被弹片击伤，后座的武器操作官跳伞后失踪。

修养结束后，零返回了部队。杰克为零的复出开了一个小型派对，在酒醉的酣梦中，零看到一个长翅膀的女妖被锁在牢房里，而钥匙就在他手中……

其后的另一次任务中，零又遇到那架神秘的战机。追击中雪风的系统不但被入侵，更遭到JAM超级对空导弹的攻击，但最终在雪风的保护下零奇迹般地躲过了死亡。

为了弥补高昂的人员损失，SAF（特殊战）准备采用无人机代替现有战机，首先是雪风，但遭到零的反对。在和杰克的一番争吵后，零不快离去。

为查明事件真相，零与搭档再次前往调查，不料中途与基地失去联系。杰克冒着上军事法庭的危险带同FRX－99一同前去搜索，但一无所获。

原来雪风被不明机击伤，零驾机迫降在沙漠中并昏了过去。他醒后被告知正在一座前线基地，一个神秘军人以修好雪风为借口向零套取系统密码。零在得到雪风的警告后立刻反抗，并驾驶伤痕累累的雪风逃离了JAM制造的数据空间。不料零又遭到神秘战机的追杀，雪风被击落。

就在零绝望之时，雪风控制FRX－99前来相救，并把转所有数据转移到FRX上。在将零弹射出去后，FRX将雪风击毁。面对这一幕，零瘫倒在沙漠中……